LIITON KOKOUSLuomuliiton ylintä päätösvaltaa käyttää liiton kokous, jollainen järjestetään kahdesti vuodessa. Liiton jäseninä olevat paikallisyhdistykset voivat lähettää kokoukseen yhden edustajan kutakin alkavaa sataa jäsentä kohden.
HALLITUSLiiton asioita hoitaa hallitus, johon kuuluvat puheenjohtaja ja kuusi jäsentä sekä näiden henkilökohtaiset varajäsenet. Hallituksen puheenjohtajan ja muiden jäsenten toimikausi on kolme vuotta.
HENKILÖKUNTALuomuliiton operatiivisesta toiminnasta vastaa palkattu henkilökunta hallituksen tekemien linjausten mukaisesti.
TYÖRYHMÄTLuomuliiton työryhmät koostuvat Luomuliiton jäsenistä, hallituksen jäsenistä ja varajäsenistä, Luomuliiton työntekijöistä sekä asiantuntijoista. Työryhmissä tuodaan esiin jäsenten tarpeita ja käsitellään edunvalvontaan liittyviä asioita sekä pohditaan tulevaisuuden tavoitteita. Työryhmät raportoivat hallitukselle.
