LIITON KOKOUS
Luomuliiton ylintä päätösvaltaa käyttää liiton kokous, jollainen järjestetään kahdesti vuodessa. Liiton jäseninä olevat paikallisyhdistykset voivat lähettää kokoukseen yhden edustajan kutakin alkavaa sataa jäsentä kohden.
HALLITUS
Liiton asioita hoitaa hallitus, johon kuuluvat puheenjohtaja ja kuusi jäsentä sekä näiden henkilökohtaiset varajäsenet. Hallituksen puheenjohtajan ja muiden jäsenten toimikausi on kolme vuotta.
HENKILÖKUNTA
Luomuliiton operatiivisesta toiminnasta vastaa palkattu henkilökunta hallituksen tekemien linjausten mukaisesti.
TYÖRYHMÄT
Luomuliiton työryhmät koostuvat Luomuliiton jäsenistä, hallituksen jäsenistä ja varajäsenistä, Luomuliiton työntekijöistä sekä asiantuntijoista. Työryhmissä tuodaan esiin jäsenten tarpeita ja käsitellään edunvalvontaan liittyviä asioita sekä pohditaan tulevaisuuden tavoitteita. Työryhmät raportoivat hallitukselle.